Après « que / qu’ », le mode dépend du sens de la proposition principale.

• fait réel, constaté, présenté comme certain → indicatif
• volonté, doute, émotion, jugement, nécessité → subjonctif

Ce n’est pas « que » qui décide à lui seul. C’est surtout le verbe ou l’expression avant « que ».

• Je sais qu’il vient.
• Je vois qu’elle comprend.
• Il est certain qu’il a raison.
• Il est clair qu’elle réussira.

• Je pense qu’il dit la vérité.
• Je crois qu’elle est prête.
• Il me semble qu’il comprend.

• parce que → Je pars parce que je suis fatigué.
• après que → Il part après qu’elle est arrivée.
• dès que → Je viens dès que j’ai fini.
• pendant que → Il parle pendant que tu écris.
• puisque → Puisque tu sais, explique.

• Je veux que tu viennes.
• Il exige que nous partions.
• Elle demande qu’on fasse attention.

• Il faut que tu partes.
• Il est nécessaire que vous répondiez.
• Il est possible qu’il soit en retard.

• Je suis content que tu sois venu.
• Il est dommage qu’elle parte.
• Je regrette qu’il ait dit cela.

• Je doute qu’il dise la vérité.
• Il n’est pas sûr qu’elle vienne.
• Je ne crois pas qu’il ait raison.

• avant que → Pars avant qu’il n’arrive.
• pour que → Je répète pour que tu comprennes.
• bien que → Bien qu’il soit malade, il travaille.
• sans que → Il part sans que je le sache.
• afin que → Explique afin qu’ils comprennent.

Certains verbes changent souvent de mode selon la forme.

• Je pense qu’il vient.
• Je crois qu’elle a raison.

On emploie en général l’indicatif.

• Je ne pense pas qu’il vienne.
• Je ne crois pas qu’elle ait raison.
• Penses-tu qu’il vienne ?

On emploie souvent le subjonctif.

• Je sais qu’il vient.
• Je veux qu’il vienne.

• Je suis sûr qu’il réussira.
• Je ne suis pas sûr qu’il réussisse.

• Je remarque qu’il parle vite.
• Je souhaite qu’il parle moins vite.

• fait tenu pour réel → indicatif
• volonté, doute, émotion, jugement → subjonctif

Astuce simple :

• « c’est un fait » → indicatif
• « ce n’est pas certain / je le souhaite » → subjonctif

Il ne faut pas raisonner seulement avec « que ».

• Je sais qu’il vient. → indicatif
• Je veux qu’il vienne. → subjonctif

La structure est proche, mais le sens change, donc le mode change aussi.